מכון הלכה ברורה הוקם בשנת תש"ל (1970) ביוזמת רבנו הרב צבי יהודה הכהן קוק זצ"ל כדי לממש את חזונו של מרן הרב קוק זצ"ל, הרב הראשי הראשון לארץ ישראל, ביחס ללימוד החלק הנגלה של התורה.
מרן הרב קוק זצ"ל כותב במקומות רבים שיש לחזור לצורת הלימוד המקורית ולפיה על לימוד הגמרא להוליך בצורה ישירה אל המסקנות ההלכתיות למעשה. בכך הוא למעשה ממשיך את דרכו של הגאון מווילנא שאף הוא התרחק מפלפולים ודבק בדרך הלימוד הישרה של חתירה להבנה אמיתית ופשוטה בסוגיה ובשיטות המפרשים. זאת, בניגוד לצורת הלימוד הרווחת ולפיה יש מקצוע הגמרא, בו עוסקים בבירור הסוגיה אך לא אליבא דהילכתא, ויש מקצוע ההלכה, בו עוסקים בהוראות ההלכתיות למעשה אך בניתוק מסדר השתלשלות ההלכה מתוך הסוגיות. מרן הרב זצ"ל ראה במצב זה קלקול, הן בצד של לימוד הגמרא והן בצד של לימוד ההלכה, שיש לפעול לתיקונו.
המפעל העיקרי שהגה מרן הרב זצ"ל לצורך תיקון המצב, שאף קראו בשם "בנין התורה לדורות", הוא הדפסת ש"ס שבו סוגיות התלמוד מוליכות ומחוברת אל פסיקת ההלכה. על דף הגמרא נדפס החלק של "הלכה ברורה" שבו העתקת ההלכות מהרמב"ם ומהשלחן ערוך היוצאות מתוך הסוגיות. חלק זה כולו נכתב על ידי מרן הרב זצ"ל במשך כעשר שנים בהן התמסר למפעל העתקה זה, ונערך לדפוס על ידי חברי המכון.
בסוף הגמרא נדפס החלק של "בירור הלכה" ובו בירור שיטות המפרשים והפוסקים על הסוגיה, על פי הדרך שהתווה מרן הרב זצ"ל ב"הרצאת הרב". חלק זה נכתב על ידי חברי המכון לאחר שלמדו את הסוגיה בעיון, לעומקה ולרוחבה, והעלו על הכתב את השתלשלות ההלכה מתוך הסוגיה, דרך הגאונים והראשונים ועד לפסיקה בספרי ההלכה המקובלים באומה. זהו אוצר אנציקלופדי של סיכום שיטות המפרשים והפוסקים. בכל בירור הלכה הושקעו שעות רבות של חיפוש ואיתור המקורות, בירורם וכתיבתם בלשון בהירה, צחה ושווה לכל נפש.
מטרה נוספת של המכון היא לעשות לשילוב השיטה הזו בהוראת התלמוד במוסדות החינוך.
עוד בימי הרב זצ"ל יצא לאור הכרך הראשון של מסכת ביצה, שזכה לשבחים והסכמות של גדולי הדור, הגאון רבי איסר זלמן מלצר זצ"ל והגרי"מ חרל"פ זצ"ל. לאחר הפסקה ארוכה, הוקם המכון במתכונתו הנוכחית ומפעלו קיבל עוד הסכמות של הרבנים הגאונים: הרב שלמה יוסף זוין, הרב מנחם מנדל כשר, הרב יצחק ניסים, הרב איסר יהודה אונטרמן, הרב שלמה גורן, הרב שאול ישראלי, הרב אברהם שפירא, הרב מרדכי אליהו, והרב עובדיה יוסף, זכר צדיקים לברכה, ויבדלו לחיים הרב זלמן נחמיה גולדברג
שליט"א והרב יעקב אריאל שליט"א.
מלאכת הקודש נעשית ע"י צוות המונה למעלה מארבעים תלמידי חכמים, מהם עשרה חברים בכירים
העוסקים בעריכה וביקורת, ובראשם עומד הרב אריה שטרן שליט"א שנתמנה עוד ע"י הרב צבי יהודה
קוק זצ"ל. המכון מתנהל ע"י עמותה שנשיאה היה הגר"א שפירא זצ"ל.
מנהלה הרב דוד שלם, שבא במקומם של
מר אביב רייך והרב יוחנן פריד שפעלו יחד עם הרב אריה שטרן מאז יסוד המכון.
יוזמת ראש הישיבה הרב צבי יהודה הכהן קוק זצ"ל
עם התפתחותה של הישיבה שחזרה להיות ישיבה מרכזית כבתחילה, קרא ראש הישיבה הרב צבי יהודה הכהן קוק לתלמידים לחזור ולפעול לחידוש המפעל של "הלכה ברורה ובירור הלכה".
קריאתו זו נענתה על יד קבוצת תלמידים, בראשם עמדו הרב יוחנן פריד שליט"א והרב אריה שטרן שליט"א, התלמידים קבלו את ברכת הדרך של ראש הישיבה, והוא ליווה את הפעילות המחודשת בהתרגשות ובהתלהבות.
פעילות המכון החלה בשנת ה'תש"ל, המסכת הראשונה הייתה מסכת סוכה, ועליה כתבו את ה"בירור הלכה" וערכו את ה"הלכה ברורה". זו הייתה התחלה קשה, משום שהיה צריך לגבש את השיטה.
מן הראוי להזכיר שלושה גדולי תורה שעמדו לצידנו ביסוד המכון: הגאון הרב שלמה יוסף זווין זצ"ל, הגאון הרב אליעזר רבינוביץ זצ"ל והגאון הרב אברהם שפירא זצ"ל.
בפעילות עצמה השתתפו בסך הכל שישה אברכים: שני המייסדים, הרב יהושע רוזן שליט"א, הרב משה גנץ שליט"א, הרב נפתלי בר אילן שליט"א והרב אריה הורוביץ שליט"א, במשך השנים הצטרפו תלמידי חכמים רבים.
יעמדו על הברכה כל העוסקים במלאכת הקודש ובסייעתא דשמייא, עד השלמת הש"ס כולו.